Смирнов С.М. родился в 1892 году в селе Клевицы Демянского уезда Новгородской губернии в семье священника-учителя. Детство его прошло в Тихвинском уезде и первые шаги по пути к знаниям им были сделаны в Тихвинском духовном училище (1903 –1907гг.). В 1907-1913 гг С.М. Смирнов учился в Новгородской духовной семинарии. Именно в эти годы определился круг его жизненных интересов и дальнейшее направление деятельности: обучение на отделении русской церковной истории Петербургской духовной академии у знаменитого профессора Покровского. За выпускную кандидатскую работу «Новгородская епархия при митрополите Амвросии Подобедове» в 1917 году он был оставлен профессорским стипендиатом для продолжения научных трудов.
Революция многое изменила в его жизни.
В 1918 году С.М. Смирнов был отправлен в Новгородское ГубОНО и вскоре назначен директором Новгородского исторического музея. Он принимал активное участие в создании новых экспозиций, в пополнении фондов наиболее ценными и интересными предметами из дворянских усадеб и закрывающихся церквей и монастырей Новгородской губернии.
С 1919 года Сергей Михайлович становится членом Новгородского общества любителей древности, а с 1928 года – его председателем. Его особенно волновала судьба святынь Новгорода. Он предлагал принять срочные меры для сохранения кладбищ Антониева, Свято-Духова, Юрьева и других монастырей.
С.М. Смирнов руководил работой по составлению биобиблиографического словаря, где были биографии замечательных людей новгородской земли XVШ-XIX вв. Среди первых 38 очерков были и биографии митрополитов и церковных деятелей Новгородской епархии.
Как специалиста и знатока церковных древностей С.М. Смирнова привлекали к участию в кампаниях по изъятию церковных ценностей из храмов Новгорода.
Вероятно, некоторые из предметов были спасены им тогда от сдачи в Помгол.
В начале 1930-х годов разгром краеведения закончился для Смирнова С.М. арестом и ссылкой, но уже в середине 30-х годов он вернулся в Новгород и целиком перешел на преподавательскую работу в индустриальный техникум. А после возвращения из эвакуации в 1946 в течение двадцати лет бессменно преподавал историю в школах Новгорода, организовывал краеведческие походы по области.
Весь его огромный архив погиб во время Великой Отечественной войны, но он возобновил обзор материалов , фотографий, документов по истории новгородской земли. Только в 1980-ые годы друзья и ученики уговорили его взяться за воспоминания. Большая коллекция этих материалов хранится в фондах Новгородского государственного объединенного музея-заповедника.