Значительным достижением новгородской археологии после обнаружения берестяных грамот стало открытие усадеб. Вначале археологические раскопки городов не предоставляли даже частично открытых усадеб. Лишь на Неревском раскопе, когда площадь исследуемой территории достигла нескольких тысяч квадратных метров, удалось впервые говорить об усадьбах. Было обнаружено двенадцать усадеб, восемь из которых исследованы полностью. Находки и берестяные грамоты помогли определить владельцев усадеб, их жителей и занятия. Анализ материалов показал, что большинство усадеб принадлежали боярам, на территории которых жили купцы, ремесленники и другие жители Новгорода. Этот факт помог разрешить важный теоретический спор о природе экономической системы Новгородской республики. Ранее считалось, что Новгород был исключительно торговым городом, где купцы играли ключевую роль в экономике и политике. Однако исследования конца 30-х годов показали, что основой экономики боярства было крупное землевладение.
Открытие берестяных грамот и богатых боярских усадеб на Неревском раскопе окончательно развенчало мысль о тождественности бояр и купцов. Переписка боярской семьи Мишиничей-Онцифоровичей подтверждает, что владение землей и эксплуатация крестьян были основой хозяйства и власти новгородских бояр. В этих грамотах нет упоминаний о заморских товарах и торговых операциях, так как торговля не играла значимой роли в боярском хозяйстве.
Возникла необходимость пересмотреть роль торговли в экономике Новгорода. Среди построек на Неревском раскопе лишь одна, вероятно, принадлежала купцу — Кулотке. Берестяная грамота подтверждает это, а разнообразие найденных предметов указывает на их предназначение для продажи.
Усадьбы и импортные предметы на Неревском раскопе были частью боярского хозяйства, включавшего ремесленные мастерские. В.Л. Янин предложил концепцию, что основные товары Новгорода (пушнина, воск, мед, мех, рыба) были продуктами промыслов, контролируемых боярами. Доходы от экспорта этих товаров способствовали усилению политической роли боярства.
Отсутствие купеческих усадеб на Неревском раскопе не означает, что все усадьбы в Новгороде принадлежали боярам. Исследования показали, что новгородское население было организовано в две системы — кончанскую (боярскую) и сотенную (включающую небоярское население). Купцы относились к сотенной системе и селились вне концов.
Новые археологические работы и письменные источники позволяют утверждать, что усадьбы купцов находились вне древнейших напластований Новгорода. Купеческие усадьбы нужно искать на Торговой стороне города, где заморские купцы имели свои усадьбы и церкви.
Исследование социальной организации новгородского купечества и торговли требует разнообразных источников. Особый интерес представляют материалы Лубяницкого и Кировского раскопов, где находились усадьбы сотенного населения, включая купцов. Анализ материалов этих раскопов приводит к интересным выводам, несмотря на то, что ни одна усадьба не была исследована полностью.