(26 ноября 1922 — 29 января 2012) — советский и российский археолог, доктор исторических наук, профессор, член-корреспондент Германского археологического института, почетный член Института фракологи БАН, лауреат Государственной премии Российской Федерации в области науки и техники, заслуженный деятель науки Российской Федерации, главный научный сотрудник и руководитель Группы зарубежной археологии Института археологии РАН, член редколлегии периодических изданий и журналов «Советская археология», «Российская археология», «Вестник Древней истории» и английского журнала «Antiquity», широко известный исследователь памятников археологии Балкан, Кавказа, Ближнего Востока и степной полосы Евразии в эпоху бронзы и раннего средневековья.
Николай Яковлевич Мерперт родился 26 ноября 1922 года в Москве в семье служащих. Отец, Яков Иванович Мерперт был инженером-экономистом и работал в различных правительственных организациях, мать, Мелитина Михайловна Мерперт, являлась медицинским работником. Археологией и древней историей заинтересовался ещё в школьные годы, в Государственном историческом музее посещал кружок по археологии, который в то время вели В. Д. Блаватский, А. П. Смирнов и Б. А. Рыбаков.
В 1936 г. впервые принял участие в археологической экспедиции. В 1940 г. после окончания средней школы № 59, что в Староконюшенном переулке на Арбате, был призван в армию, где служил в 1-м мотомеханизированном корпусе Ленинградского военного округа в г. Пскове.
С июня по ноябрь 1941 г. Н. Я. Мерперт принимал активное участие в Великой Отечественной Войне, сражался на Северо-Западном фронте в качестве солдата, помощника командира взвода 5-го мотоциклетного, 125 танкового и отдельного танкового полка. На фронте был четырежды ранен, после лечился в госпитале. В марте 1942 г. был комиссован по инвалидности после чего вернулся в Москву и поступил на исторический факультет Московского государственного университета. Награждён медалями и орденом Отечественной войны 2-й степени.
В 1942 г. Н. Я. Мерперт поступил на исторический факультет Московского государственного университета, где на кафедре археологии преподавали А. В. Арциховский, В. Д. Блаватский, В. А. Городцов, Б. Н. Граков, С. В. Киселёв и др. В студенческие годы в поле его научных интересов была античная археология. Тогда же он опубликовал свой первый научный труд «К вопросу о происхождении гладиуса», который выходит в виде отдельной брошюры. В 1945 году, с июня по октябрь, работал стажёром в Керченском музее. Его дипломная работа «Древнегреческая кровельная черепица в городах Северного Причерноморья» также касалась вопросов античной тематики и была им позже опубликована в полном виде.
В 1942—1943 гг. Н. Я. Мерперт участвует в раскопках славянских курганов в Подмосковье, а в 1944 г. — скифских памятников в Никополе, Днепропетровской области. В декабре 1945 г. Н. Я. Мерперт с отличием оканчивает Московский государственный университет.
После окончания университета Н. Я. Мерперт поступает в аспирантуру Института истории материальной культуры АН СССР, где пишет кандидатскую диссертацию по Салтовскому могильнику, который и дал название Салтово-маяцкой археологической культуре эпохи раннего средневековья Восточной Европы.
В 1949 г. после окончания аспирантуры его принимают на работу в Института истории материальной культуры АН СССР (ныне Институт археологии РАН), где прошёл все ступени научной карьеры, от младшего до главного научного сотрудника, был учёным секретарем и долгое время возглавлял Отдел неолита и бронзового века.
В 1950 г. Н. Я. Мерперт защищает кандидатскую диссертацию на тему «Верхнее Салтово (салтовская культура)». В 1948—1949 гг. он принимал активное участие в археологических исследованиях Каракормума на территории Монголии.
По результатам раскопок в 1965 г. вышла коллективная монография «Древнемонгольские города», одним из авторов которой был Н. Я. Мерперт, также был опубликован целый ряд статей по археологии Центральной Азии в эпоху средневековья.
В 1950 г. была организована Куйбышевская экспедиция Института истории материальной культуры во главе с А. П. Смирновым. Н. Я. Мерперт был назначен заместителем начальника и руководителем второго отряда этой экспедиции. В зоне будущего Куйбышевского водохранилища, на территории Самарской, Волгоградской и Ульяновской областей и Татарстана, в ходе охранных раскопок под его руководством были исследованы сотни подкурганных погребений, а также ряд поселений эпохи бронзы, которые относились преимущественно к памятникам срубной культурно-исторической общности.
Изучение культур энеолита и эпохи бронзы евразийских степей постепенно становится одним из основных направлений в исследовательской деятельности молодого учёного. Круг его научных интересов расширяется в хронологическом и территориальном плане, он публикует целый ряд статей и обобщающее монографическое исследование, проявляет активное участие в научных дискуссиях. В 1956, 1959 и в 1960 гг. Н. Я. Мерперт проводит раскопки на территории Чечено-Ингушетии, где под его руководством были исследованы курганы III—II тыс. до н. э. у ст. Мекенская северокавказской культуры и поселения эпохи ранней бронзы и кобанской культуры в с. Сержень-Юрт. На Серженьюртовском I поселении был выявлен слой ранней бронзы с материалами, соотносимыми как с майкопской культурой, так и куро-аракской, что было впервые зафиксировано на территории Чечни. Материалы были опубликованы в изданиях Института истории материальной культуры.
В 1961—1963 гг. Н. Я. Мерперт принимает участие в первой советской археологической экспедиции в Египте. В Нубии, в зоне строительства Асуанского гидроузла, экспедиция исследует целый ряд памятников III—II тыс. до н. э. В 1963 г. экспедиция также предприняла археологические разведки на территории северо-западного Судана. Материалы исследований были опубликованы в 1964 г. в отдельном монографическом исследовании «Древняя Нубия».
Позднее Н. Я. Мерперт исследует археологические памятники в Болгарии, где под его соруководством действовала в течение 30 лет совместная советско-болгарская экспедиция, которая за эти годы исследовала широкий круг памятников эпохи энеолита и раннего бронзового века.
С 1969 г. он совмещает свои полевые работы на Северном Кавказе и Балканах с исследованиями советской экспедиции в Месопотамии, во время которой была зафиксирована группа теллей Ярымтепе, расположенная 80 км к западу от Мосула, близ г. Телафар. Параллельно он продолжает свои исследования проблем эпохи энеолита и бронзового века степной полосы Восточной Европы.
В 1968 г. Н. Я. Мерперт успешно защищает свою докторскую диссертацию на тему «Древнейшая история населения степной полосы Восточной Европы (III-начало II тыс. до н. э.)», в которой он особое внимание уделил погребальным памятником ямной культурно-исторической общности эпохи ранней бронзы. Позднее по материалам кандидатской диссертации им была написана монография, которая до сих пор не утратила своей актуальности.
С середины 1980-х гг. Н. Я. Мерперт уделяет основное внимание исследованию памятников Болгарии и Месопотамии.
В 1969—1980 гг. он принимает участие в исследовании группы древних теллей Ярымтепе I, Ярымтепе II и Ярымтепе III, которые представляют хассунскую, халафскую и убейдскую культуры.
Параллельно экспедиция проводила археологические разведки на севере Ирака в долине и предгорьях Синджара, где были впервые открыты и исследованы памятники докерамического неолита — Тель-Магзалия, поселения Телль-Сотто и Куллитепе, которые датируются VII тыс. до н. э. и относятся к предхассунскому периоду.
В начале 1980-х в силу начавшейся Ирано-иракская война Месопотамской экспедиции института археологии АН СССР под руководством прервала свои исследования в северном Ираке и переносит их в район Хабурской степи, которая является частью северомесопотамской равнины Джезире. С 1988 г. работы экспедиции ведутся в в 25 км от г. Хасаке, что Северо-Восточной Сирии на территории Телль Хазна I.
Похоронен в Москве на Троекуровском кладбище.